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네이버 사이트 검색 등록은 네이버 웹마스터도구를 통해서만 이루어집니다. 
 
기존 네이버 검색등록을 통해 등록하셨던 사이트가 갑자기 검색노출이 안되는 경우
네이버 웹마스터도구를 이용해 사이트를 등록하시면 네이버 검색에 반영이 됩니다.
 
- 네이버 웹마스터도구로 접속합니다. (네이버 로그인 필요)
http://webmastertool.naver.com/
 
1. 사이트 정보 입력
도메인 주소를 입력 후 "확인" 버튼을 클릭합니다.

2. 사이트 소유 확인
① HTML 확인 파일을 내 컴퓨터로 다운로드한 후
② 관리자모드 [웹하드]에 HTML파일을 업로드합니다.
※ 파일이 업로드가 안될 경우 고객센터(031-708-3799)로 연락바랍니다.
③ 자동등록 방지 글자를 입력한 후 "확인" 버튼을 클릭합니다.

3. 웹 페이지 수집 요청
① 사이트 소유확인이 완료되면 좌측 [요청 > 웹페이지 수집] 메뉴로 들어갑니다.
② 입력항목은 공란으로 두고 "확인" 버튼만 클릭합니다.
 
신청에 대한 결과는 네이버 검색로봇에 의해 처리되며
빠르면 1~2일, 길게는 한 달 이상도 걸릴 수 있습니다.
 
네이버 웹마스터도구를 통해서도 검색이 안되는 경우
네이버 고객센터의 [검색반영 요청하기]를 통해 신청이 가능합니다.

아래 링크 클릭해주세요.

https://help.naver.com/support/contents/contents.help?serviceNo=606&categoryNo=11060

 
 
※ 통합검색의 노출 순서는 어떻게 정해지나요?
 
통합검색은 사용자 의도에 맞는 다양한 검색 결과를 제공하고자 블로그, 카페, 뉴스, 웹문서 등
각 영역의 검색 결과를 한 화면에 모아서 보여 주는 서비스입니다.
 
통합검색 결과는 검색 사용자의 요구를 잘 반영할 수 있도록 시스템에 의해
노출 순서가 결정되며, 사용자의 선호도에 따라 수시로 검색결과가 변경됩니다.
 
똑같은 검색어인데 어제와 오늘 검색결과가 다르다고요?
A의 검색 결과는 블로그-지식인-이미지인데, B의 검색 결과는 뉴스-사이트-블로그라고요?
 
통합검색 결과에 노출되는 각 영역의 순서는 입력된 검색어에 따라서 달라지며,
검색 결과도 항상 변할 수 있습니다.
 
따라서 특정 영역 또는 결과가 항상 통합검색 결과에 나오는 것을
보장 할 수 없는 점 참고해 주세요.  
 
출처 : 네이버 통합검색 고객센터